Des de l'any 2000 l'Ontinyent C.F. ha viscut un nou periple per la Tercera. En tot aquest temps el club ha lluitat per mantindre la seua identitat en els anys adversos en que no acompanyaven els resultats. La poca fortuna esportiva es compensa amb una forta incidencia social per recuperar els vincles entre el club i la ciutat. El 27 de juliol de 2002 l'assamblea de socis decideix aprovar la restitució dels colors originals que el club ja portava en el moment de la seua fundació en 1931, és a dir la camiseta blanca i el pantaló negre.

Fruit del treball per consolidar l'entitat, al mes de novembre de 2004 s'estrena per primera volta l'himne oficial del club, 'El crit del Clariano', amb música composada per Saül Gómez i lletra escrita per Santiago Sanchis. Es recopilen, a més, cançons que s’han escoltat al llarg de les dècades i que fan referencia a l’equip i les seues rivalitats històriques.

La temporada 2006-2007, sota la presidència de José Vicente Garcia l'Ajuntament d'Ontinyent, propietari de l'estadi municipal acomet la major reforma de les últimes dècades i s'instal.la la gespa artificial.

En eixa mateixa temporada arriba Antonio Aparicio a la banqueta, l’entrenador que serà clau en el retorn a la Segona B i que estarà al front del comandament tècnic durant cinc temporades brillants. El 24 de juny de 2007 amb jugadors com Montava, Luís López, Israel, Galindo, Noel, Inarejos, Mario, Raul Rodríguez, César Soriano o Fuentes, entre d'altres, s’aconsegueix en l'últim partit i de manera agònica l’anhelat ascens. És al camp de Los Pajaritos de Soria, front al Numància B. L’Ontinyent havia guanyat a l’anada per 1-0. El desenllaç final porta a prop de 400 aficionats fins a la ribera del Duero, al Camp de Los Pajaritos per viure l'últim gran moment èpic d'esta història. A un minut del final, el gol de Galindo evita la pròrroga, empata el partit i col.loca a l'Ontinyent C.F. de nou a Segona B.

Prèviament s’havia superat la primera eliminatòria contra el filial del Zaragoza.

Celebració de l'ascens a Segona Divisió B al balcó de l'ajuntament